El análisis de peligros es el corazón del sistema APPCC: 1) Definir el ámbito del sistema; 2) Elaborar el diagrama de flujo verificado in situ; 3) Identificar peligros biológicos, químicos y físicos en cada etapa; 4) Evaluar la significancia (probabilidad × gravedad); 5) Determinar los PCC mediante el árbol de decisiones del Codex Alimentarius. Un análisis correcto es la diferencia entre un APPCC que funciona y uno que solo existe en papel.
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